El equilibrio entre las actividades humanas y la salud del ecosistema es crítico en medio de las crecientes preocupaciones sobre la biodiversidad. Este estudio explora la relación entre la provisión de alimentos y la calidad del hábitat en sistemas de bioproducción en Filipinas, centrándose en la Cuenca Pagsanjan-Lumban (PLW) y la Cuenca Baroro (BW). Utilizando el modelo TerrSet Land Change Modeler para proyecciones de LULC, el modelo InVEST para la evaluación de la calidad del hábitat y análisis estadísticos de datos de producción de cultivos desagregados, este estudio evalúa las sinergias y compensaciones entre la provisión de alimentos y la conservación de la biodiversidad. Los hallazgos revelan que los cambios en LULC, como los cambios en cultivos anuales, áreas construidas, bosques y sistemas agroforestales, impactan la salud del ecosistema. La calidad del hábitat en la PLW muestra una degradación temporal, mientras que la BW se mantiene relativamente estable. Las tendencias de producción de alimentos indican rendimientos fluctuantes en la PLW, con una disminución en la BW. El análisis de correlación destaca las compensaciones entre la provisión de alimentos y la calidad del hábitat en la PLW, mientras que la BW exhibe una correlación positiva, sugiriendo posibles sinergias. Estos hallazgos enfatizan la importancia de estrategias basadas en el lugar para reconciliar la producción de alimentos y la conservación de la biodiversidad, asegurando sistemas de bioproducción sostenibles que apoyen tanto la salud del ecosistema como la seguridad alimentaria.