Este estudio examina la influencia de la intensidad de pastoreo en las comunidades microbianas del suelo en un ecosistema de estepa desértica. Las muestras de suelo fueron recolectadas de tres profundidades (0-10 cm, 10-20 cm y 20-30 cm) bajo diferentes intensidades de pastoreo: control (CK), pastoreo ligero (LG), moderado (MG) y pastoreo pesado (HG). Se analizaron las principales propiedades fisicoquímicas del suelo y las características de las plantas junto con la diversidad microbiana y la composición de la comunidad, que se evaluaron identificando variantes de secuencias de amplicones y realizando un análisis de tamaño de efecto discriminante lineal. Los resultados mostraron que la intensidad de pastoreo impactó significativamente en la humedad del suelo, el carbono orgánico, el nitrógeno total y los niveles de fósforo, con una notable disminución en la cobertura vegetal y la diversidad microbiana bajo pastoreo pesado. Los tratamientos CK y LG apoyaron una mayor diversidad microbiana, especialmente en las capas superficiales, mientras que el pastoreo pesado se asoció con un cambio en la composición de la comunidad hacia taxones tolerantes al estrés como Acidobacteriota y Blastocatella. El análisis de escalamiento multidimensional no métrico reveló diferencias en la estructura de la comunidad microbiana entre las profundidades del suelo, con los efectos del pastoreo disminuyendo con la profundidad. Estos hallazgos resaltan el papel crítico de las prácticas de pastoreo sostenible en el mantenimiento de la salud del suelo y la diversidad microbiana, con implicaciones para la resiliencia a largo plazo de los ecosistemas de estepa desértica.