En la cría de cerdos, mejorar la delgadez de la canal, el rendimiento muscular y el rendimiento reproductivo es crucial para la eficiencia de producción. En este estudio, investigamos la base genética de tres rasgos económicamente importantes: el grosor de la grasa dorsal, el área del músculo del lomo y el número total de pezones, en 1624 cerdos Duroc. Utilizando análisis de asociación a nivel genómico y multi-ómiques, identificamos 21 loci genéticos significativos vinculados a estos rasgos. Los genes asociados con la deposición de grasa mostraron enriquecimiento en regiones regulatorias del tejido adiposo, mientras que los genes que influyen en el número de pezones estaban principalmente activos en tejidos intestinales. Para el número de pezones, se destacaron dos genes candidatos clave, con variantes funcionales que se predijo que alterarían la unión de factores de transcripción en vías relacionadas con hormonas y colesterol que son esenciales para el desarrollo de la glándula mamaria. Nuestros hallazgos sugieren posibles mecanismos moleculares subyacentes al crecimiento y la reproducción de los cerdos y ofrecen marcadores genéticos prácticos para guiar la cría de precisión para mejorar la producción de carne y la eficiencia reproductiva.