Una clase particular de Elementos Transponibles (ETs), llamados Repeticiones Terminales Largas (LTRs), retrotransposones, comprende los elementos móviles más abundantes en los genomas de plantas. Su número de copias puede variar desde varios cientos hasta unos pocos millones de copias por genoma, afectando profundamente la organización y función del genoma. La clasificación detallada de los retrotransposones LTR es un paso esencial para entender con precisión su efecto a nivel genómico, pero sigue siendo un desafío en genomas de gran tamaño, requiriendo el uso de herramientas bioinformáticas optimizadas que puedan aprovechar los supercomputadores. Aquí, proponemos una nueva herramienta: Inpactor, una tubería paralela y escalable diseñada para clasificar retrotransposones LTR, identificar elementos autónomos y no autónomos, realizar árboles filogenéticos basados en RT y analizar sus tiempos de inserción utilizando técnicas de Computación de Alto Rendimiento (HPC). Inpactor fue probado en la clasificación y anotación de retrotransposones LTR en piña, un genoma recientemente secuenciado. El ensamblaje del genoma de piña comprende el 44% de elementos transponibles, de los cuales el 23% fueron clasificados como retrotransposones LTR. Excepcionalmente, el 16.4% del ensamblaje del genoma de piña correspondió a solo una línea de la superfamilia, sugiriendo que esta línea particular ha experimentado un aumento significativo en su número de copias. Como se demostró para el genoma de piña, Inpactor proporciona datos completos sobre la clasificación y dinámica de los retrotransposones LTR, permitiendo una comprensión precisa de su contribución a la estructura y evolución del genoma. Inpactor está disponible en.