La integración morfológica se refiere a la tendencia de las estructuras anatómicas a mostrar variaciones correlacionadas porque se desarrollan en respuesta a procesos de desarrollo compartidos o funcionan en conjunto con otras estructuras. El objetivo de este estudio fue determinar las relaciones entre las dimensiones de diferentes estructuras craneocervicales y faciales en pacientes con síndrome de Down (SD). Metodología: El grupo de estudio consistió en 41 individuos con SD que se habían sometido a tomografía computarizada de haz cónico (CBCT) en la Unidad de Radiología Dental de la Universidad de Santiago de Compostela (España). En el archivo histórico de esta misma unidad, se seleccionaron 41 CBCT pertenecientes a individuos sin trastornos sistémicos conocidos o malformaciones severas de la región maxilofacial, formando un grupo de control emparejado por edad y sexo. Se realizaron veintinueve mediciones en las imágenes de CBCT de cada participante, que se agruparon en tres bloques: dimensiones atlantoaxiales, dimensiones craniovertebrales y dimensiones cefalométricas. Para determinar si había diferencias significativas entre las dimensiones obtenidas en los grupos de SD y de control, aplicamos análisis de varianza múltiple y pruebas de análisis discriminante lineal. El análisis de la asociación entre bloques (en pares) se realizó con la prueba de análisis de correlación canónica. Resultados: Las dimensiones evaluadas en los tres bloques de variables de individuos con SD difieren significativamente de las de los controles no sindrómicos (< 0.001). La mayor capacidad discriminativa para identificar controles y pacientes con SD se obtuvo con las dimensiones cefalométricas (87.5%). Con respecto a la asociación entre bloques (mediciones de dos en dos), no encontramos una relación significativa en el grupo de SD. Sin embargo, confirmamos una correlación estadísticamente significativa entre todos los pares de bloques de variables en los controles, especialmente entre las dimensiones atlantoaxiales y cefalométricas (< 0.001) y entre las dimensiones craniovertebrales y cefalométricas (< 0.001). Conclusiones: Nuestros resultados confirman una integración morfológica muy pobre del complejo craneocervical-maxilar en individuos con SD. Este hallazgo refuerza la propuesta de que la sobrecarga genética potencia el proceso de canalización.