La salinidad es un factor de estrés ambiental importante en la maricultura. Los intestinos de los camarones albergan comunidades microbianas densas y diversas que mantienen la salud del hospedador y las capacidades anti-patógenas bajo estrés por salinidad. En este estudio, se utilizaron secuenciación de amplicones 16s y transcriptómica para analizar el intestino bajo estrés por baja salinidad (15 ppt). Este estudio tuvo como objetivo investigar los mecanismos de respuesta de la microbiota intestinal y la expresión génica ante el estrés agudo por baja salinidad. Los tejidos intestinales fueron analizados utilizando secuenciación de microbiota 16S y transcriptómica. El análisis de la microbiota demostró que las abundancias relativas de disminuyeron significativamente, mientras que , , , , , , y se convirtieron en las comunidades predominantes. La secuenciación del transcriptoma identificó numerosos genes diferencialmente expresados (DEGs). Los DEGs se agruparon en muchos términos de Ontología Génica y se enriquecieron aún más en algunas vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto relacionadas con la inmunidad o el metabolismo, incluyendo varios tipos de biosíntesis de N-glicanos, metabolismo de azúcares de aminoácidos y azúcares nucleotídicos, y metabolismo de lisosomas y ácidos grasos. El análisis de correlación entre la microbiota y los DEGs mostró que los cambios en , , , y estaban correlacionados positivamente con genes relacionados con la inmunidad como peritrofina-1-like y mucina-2-like, y correlacionados negativamente con genes similares a caspasa-1. El estrés por baja salinidad causó cambios en los microorganismos intestinales y su expresión génica, con una estrecha correlación entre ellos.