Los granos de cebada tibetana sin cáscara (qingke) están ganando popularidad debido a sus altos beneficios nutricionales. Se realizaron análisis comparativos de metabolómica y proteómica de los granos de qingke (a los 16, 20, 36 y 42 días después de la floración) para explorar la dinámica metabólica durante el llenado de granos y comparar las diferencias en calidad entre tres variedades diferentes: Dulihuang, Kunlun 14 y Heilaoya. Se identificaron un total de 728 metabolitos y 4864 proteínas. Primero encontramos que tanto los perfiles de metabolitos como de proteínas estaban más estrechamente asociados con la etapa de desarrollo del grano en cada cultivar que entre diferentes etapas en un solo cultivar. A continuación, nos centramos en el metabolismo energético y las vías de biosíntesis de componentes clave de calidad, como flavonoides, almidón y beta-glucanos en los granos de qingke. El análisis cuantitativo reveló una variación significativa en la abundancia de la enzima similar a la celulosa sintasa (CslF) entre los tres cultivares. Notablemente, Heilaoya mostró niveles de CslF6 sustancialmente más bajos a los 36 y 42 DAF que los de Kunlun 14 y Dulihuang. Estas diferencias observadas en la abundancia de CslF6 pueden representar un mecanismo regulador clave subyacente a los distintos patrones de biosíntesis de beta-glucano entre los tres cultivares. En conjunto, nuestros resultados mejoran la comprensión de las redes metabólicas involucradas en el desarrollo del grano de qingke y sirven como base para avanzar en los estudios de mejoramiento.