La elucidación de las vías de maduración de los frutos climatéricos ayuda a reducir las pérdidas postcosecha y mejorar la calidad de la fruta. Aquí, informamos sobre un estudio integrador sobre la maduración del tomate para dos líneas casi isogénicas (NIL115 y NIL080) con introgresiones de LA0722. Se realizó un análisis exhaustivo utilizando datos de fenotipificación, molecular, de transcripción y de proteínas. Ambas NIL muestran una mejor firmeza de la fruta y NIL115 también tiene una vida útil más larga en comparación con el progenitor cultivado. NIL115 expresó diferencialmente un transcrito de la familia de factores de transcripción de respuesta al etileno APETALA2 (AP2/ERF) con un papel potencial en la maduración de la fruta. E4, otro ERF, mostró una expresión regulada al alza en NIL115 así como en el progenitor silvestre, y se localizó físicamente cerca de una introgresión silvestre. Se identificaron otras proteínas cuyos niveles de expresión cambiaron significativamente durante la maduración, incluyendo una enzima biosintética de etileno (ACO3) y una pectato liasa (PL) en NIL115, y una fosforilasa de glucano alfa-1,4 (Pho1a) en NIL080. En este estudio, proporcionamos información sobre los efectos de varios genes subyacentes a la maduración del tomate con un impacto potencial en la vida útil de la fruta. La integración de datos contribuyó a desentrañar genes relacionados con la maduración, proporcionando oportunidades para la cría asistida.