El mijo cola de zorro, un cultivo cereal en China, es conocido por su resistencia a estrés abióticos, incluyendo condiciones salinas-alcalinas. Este estudio examinó las respuestas transcriptómicas y metabolómicas de dos variedades contrastantes de mijo cola de zorro, B103 (tolerante) y B323 (sensible), bajo estrés salino-alcalino. El análisis fisiológico mostró que B103 exhibió parámetros de crecimiento y contenido de clorofila más altos que B323, destacando su tolerancia mejorada. El análisis transcriptómico identificó genes diferencialmente expresados (DEGs) enriquecidos en vías de respuesta al estrés como la biosíntesis de fenilpropanoides, el metabolismo de flavonoides y la señalización de calcio. El perfil metabolómico reveló metabolitos acumulados diferencialmente (DMs) involucrados en el metabolismo energético y secundario, incluyendo citrato, fumarato y flavonoides. La integración de DEGs y DMs reveló interacciones clave entre genes y metabolitos, particularmente aquellas que involucran el compuesto de nicotinamida y tres genes candidatos, para validación funcional futura, que pueden contribuir a la adaptación al estrés. El agrupamiento dinámico de las tendencias de expresión génica destacó la importancia de las respuestas rápidas al estrés. Estos hallazgos establecen un marco molecular para entender la tolerancia al estrés salino-alcalino y proporcionan recursos genéticos para desarrollar variedades de mijo cola de zorro resistentes al estrés.