El fósforo es un elemento nutritivo importante en los ecosistemas acuáticos, y su concentración afecta directamente el crecimiento y las funciones ecológicas de las plantas sumergidas. Sin embargo, los mecanismos fisiológicos y moleculares de la respuesta de las plantas al estrés por fósforo siguen siendo desconocidos. Este estudio investigó los efectos de diferentes tratamientos de concentración de fósforo a través de métodos de análisis fisiológicos, RNA-seq y metabolómica. Los resultados indicaron que el estrés por fósforo afectó la fisiología de las plantas al reducir el contenido de clorofila, aumentar la acumulación de MDA y HO, y activar el sistema enzimático antioxidante. Se identificaron múltiples transportadores de fósforo (PHT, SPX y PAP) y el factor de transcripción PHR1 a través de análisis de RNA-seq y RT-qPCR. Los fosfolípidos de glicerol mostraron una tendencia a la disminución después del estrés por fósforo bajo o alto. A través del análisis combinado de RNA-seq y metabolómica, se revelaron las diferencias de respuesta de 6 DAMs y 19 DEGs a las vías de metabolismo de glicerolípidos y metabolismo de glicerofosfolípidos bajo diferentes estrés por fósforo. Nuestros resultados proporcionan una base científica y orientación para restaurar plantas sumergidas en lagos poco profundos y para prevenir y controlar la eutrofización.