Las plantas de pimiento son sensibles a los cambios ambientales y se ven significativamente afectadas por factores abióticos como la radiación UV-B y el frío, que reducen su rendimiento y producción. Se han empleado varios enfoques, incluida la integración de datos ómicos, para comprender los mecanismos por los cuales este cultivo enfrenta el estrés abiótico. Este estudio tuvo como objetivo encontrar cambios metabólicos en los tallos de pimiento causados por la radiación UV-B y el frío mediante la integración de datos ómicos. Se generaron perfiles de proteoma y metaboloma utilizando cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas, y la integración de datos se realizó en la base de datos de rutas metabólicas de plantas. El estrés combinado de UV-B y frío indujo la acumulación de proteínas relacionadas con la fotosíntesis, el transporte de electrones mitocondriales y una respuesta a un estímulo. Además, se identificó la producción de flavonoides y sus glucósidos, así como el efecto en el metabolismo del carbono, los tetrapirroles y las vías de la escopolamina. Hemos elaborado el primer mapa de red reguladora metabólica que muestra cómo los tallos de pimiento responden al estrés por frío y UV-B. Hicimos esto observando los cambios en proteínas y metabolitos que ayudan con la respiración, la fotosíntesis y la acumulación de compuestos fotoprotectores y antioxidantes.