El aceite de semilla de camelia es un aceite de cocina de alta calidad en China. La calidad y cantidad del aceite se forman durante la maduración y deshidratación de las semillas. Hasta ahora, sigue sin resolverse en gran medida si ocurre la degradación de lípidos y contribuye a las características del aceite de camelia. En este estudio, se seleccionaron tres diferentes germoplasmas de camelia, cv. (M43), var. (QG) y (HG), y se cuantificaron sus contenidos y composiciones de aceite de semilla en diferentes etapas de deshidratación de las semillas. Encontramos que en la etapa tardía de deshidratación, M43 y QG perdieron una parte significativa del aceite de semilla, mientras que tal evento no se observó en HG. Para explorar las bases moleculares de la pérdida de aceite en M43, se realizó el perfil transcriptómico de M43 y HG en la deshidratación temprana y tardía de las semillas, respectivamente, y se identificaron y analizaron los genes expresados diferencialmente (DEGs) del camino metabólico de lípidos. Nuestros datos demostraron que diferentes especies de camelia tienen diversos mecanismos para regular la acumulación y degradación del aceite de semilla, y que la conversión de triacilglicerol a terpenoide podría explicar la pérdida de aceite en M43 durante la deshidratación tardía de las semillas.