Las plántulas de tomate (L.) son propensas a un crecimiento excesivo en verano, especialmente un severo sobrecrecimiento del eje embrionario. El paclobutrazol es un inhibidor del crecimiento de las plantas que regula el equilibrio de hormonas en las plantas y retrasa su crecimiento. En este estudio, se roció paclobutrazol a 200 mg·L sobre plántulas de tomate de la cepa inbred DH altamente homocigota en la etapa de dos hojas, lo que llevó a una reducción significativa en la longitud del epicotilo, un aumento en el número de células, una disposición celular cercana y una reducción en el tamaño celular. Para estudiar el mecanismo por el cual el paclobutrazol enana el epicotilo de los tomates, utilizamos un análisis combinado del transcriptoma y metaboloma para identificar posibles genes candidatos y vías regulatorias. Los resultados revelaron que después del tratamiento con paclobutrazol, las vías de biosíntesis de flavonoides y fenilpropanoides fueron anotadas conjuntamente. Además, se descubrieron vías de hormonas vegetales y metabolismo de sacarosa utilizando análisis de transcriptoma. Se detectaron endotransglucosilasas/hidrolasas de xilano, pequeños ARN inducidos por auxina y genes relacionados con la familia de invertasas, que pueden servir como genes candidatos clave para el análisis posterior del enanismo del epicotilo en plantas de tomate. Estos resultados proporcionan un marco para comprender los procesos metabólicos subyacentes al enanismo del epicotilo y una base para prevenir el sobrecrecimiento de plántulas de tomate.