La enfermedad de necrosis hepatopancreática (HPND) es una enfermedad altamente letal que surgió por primera vez en 2015 en la provincia de Jiangsu, China. Hasta ahora, la mayoría de los investigadores creen que esta enfermedad es causada por factores abióticos. Sin embargo, su verdadero mecanismo patogénico sigue siendo desconocido. En este estudio, se evaluaron los efectos de la HPND en el metabolismo y otros indicadores biológicos del cangrejo de río chino integrando transcriptómica y metabolómica. Nuestros hallazgos demuestran que la inmunidad innata, la actividad antioxidante, la capacidad de desintoxicación y el sistema nervioso de los cangrejos enfermos se vieron afectados. Además, las vías metabólicas como el metabolismo de lípidos, el metabolismo de nucleótidos y el metabolismo de proteínas se desregularon, y la producción de energía aumentó ligeramente. Además, se activó la vía de señalización IL-17 y ocurrieron altos niveles de autofagia y apoptosis en los cangrejos enfermos, lo que puede estar relacionado con el daño al hepatopáncreas. La función mitocondrial anormal y el posible metabolismo anaeróbico observados en nuestro estudio sugieren que la hipoxia funcional puede estar involucrada en la progresión de la HPND. Además, las actividades de carboxilesterasa y acetilcolinesterasa se inhibieron significativamente, lo que indica que los cangrejos enfermos probablemente estaban estresados por pesticidas como los piretroides. En conjunto, nuestros hallazgos proporcionan nuevas perspectivas sobre los mecanismos moleculares alterados en los cangrejos enfermos, así como sobre la etiología y los mecanismos patogénicos de la HPND.