El maíz es una enfermedad que afecta gravemente el rendimiento y la calidad del maíz. En este documento, empleamos secuenciación del transcriptoma y análisis de GWAS para identificar genes candidatos y revelar recursos de germoplasma resistentes a la enfermedad, sentando así las bases para un análisis más profundo del mecanismo molecular de resistencia del maíz y su mejora genética. Los resultados de la secuenciación del transcriptoma revelaron que un número considerable de genes de receptores quinasa, genes de proteínas relacionadas con la transducción de señales, genes relacionados con la respuesta al estrés oxidativo, genes WRKY y genes P450 estaban significativamente regulados al alza. Hubo una amplia gama de mutaciones en las líneas puras de maíz. Se seleccionaron treinta y dos líneas puras de maíz altamente resistentes, y dieciséis SNPs estaban significativamente asociados con el índice de enfermedad. Al integrar los resultados de GWAS y RNA-seq, se identificaron cinco genes relacionados con la resistencia a la enfermedad, que codifican la proteína quitinasa 1, elongasa de ácidos grasos (FAE), IAA9, GATA TF8 y EREB94, respectivamente. Esto proporciona una cierta referencia para la clonación de genes de resistencia al carbón del maíz y la cría de nuevas variedades.