Integrando el transcriptoma de longitud completa y la secuenciación de ARN de la hierba silvestre siberiana () para revelar los mecanismos moleculares en respuesta al estrés por sequía
Autores: Yu, Qingqing; Xiong, Yi; Su, Xiaoli; Xiong, Yanli; Dong, Zhixiao; Zhao, Junming; Shu, Xin; Bai, Shiqie; Lei, Xiong; Yan, Lijun; Ma, Xiao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Integrando el transcriptoma de longitud completa y la secuenciación de ARN de la hierba silvestre siberiana () para revelar los mecanismos moleculares en respuesta al estrés por sequía
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Sequía
Genes
Transcriptómica
Pasto silvestre siberiano
DEGs
KEGG
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La sequía es uno de los factores limitantes más significativos que afectan el crecimiento y desarrollo de las plantas en la meseta Qinghai-Tíbet (QTP). La explotación de los genes tolerantes a la sequía de la hierba perenne endémica de la QTP, el pasto silvestre siberiano, es de gran importancia para crear nuevas variedades resistentes a la sequía que se pueden utilizar en el desarrollo de la ganadería en pastizales y en la restauración de proyectos de pastizales naturales en la QTP. Para investigar la respuesta transcriptómica a la tensión por sequía, se aplicó estrés hídrico a corto y largo plazo inducido por PEG a dos genotipos de pasto silvestre siberiano (accesiones tolerantes y sensibles a la sequía), seguido de un análisis de secuenciación del transcriptoma de tercera y segunda generación. Se detectaron un total de 40,708 isoformas, de las cuales 10,659 genes expresados diferencialmente (DEGs) fueron comunes a ambos genotipos. Hubo 2107 y 2498 DEGs únicos en los genotipos tolerantes y sensibles a la sequía, respectivamente. Además, se identificaron 2798 y 1850 DEGs en el genotipo tolerante a la sequía solo bajo condiciones a corto y largo plazo, respectivamente. Se identificaron 1641 y 1330 DEGs en el genotipo sensible a la sequía solo bajo condiciones a corto y largo plazo, respectivamente. El análisis de enriquecimiento de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) reveló que todos los DEGs que responden al estrés por sequía estaban principalmente asociados con la vía de señalización de la quinasa activada por mitógenos (MAKP), la transducción de señales de hormonas vegetales, la vía de metabolismo del ácido linoleico, la vía del ribosoma y los ritmos circadianos de las plantas. Además, también jugaron un papel importante en ayudar a resistir la sequía. Este estudio utilizó transcriptómica para investigar cómo responde a la tensión por sequía y puede proporcionar recursos genéticos y referencias para la investigación de los mecanismos moleculares de resistencia a la sequía en hierbas perennes nativas y para la cría de variedades tolerantes a la sequía.
Descripción
La sequía es uno de los factores limitantes más significativos que afectan el crecimiento y desarrollo de las plantas en la meseta Qinghai-Tíbet (QTP). La explotación de los genes tolerantes a la sequía de la hierba perenne endémica de la QTP, el pasto silvestre siberiano, es de gran importancia para crear nuevas variedades resistentes a la sequía que se pueden utilizar en el desarrollo de la ganadería en pastizales y en la restauración de proyectos de pastizales naturales en la QTP. Para investigar la respuesta transcriptómica a la tensión por sequía, se aplicó estrés hídrico a corto y largo plazo inducido por PEG a dos genotipos de pasto silvestre siberiano (accesiones tolerantes y sensibles a la sequía), seguido de un análisis de secuenciación del transcriptoma de tercera y segunda generación. Se detectaron un total de 40,708 isoformas, de las cuales 10,659 genes expresados diferencialmente (DEGs) fueron comunes a ambos genotipos. Hubo 2107 y 2498 DEGs únicos en los genotipos tolerantes y sensibles a la sequía, respectivamente. Además, se identificaron 2798 y 1850 DEGs en el genotipo tolerante a la sequía solo bajo condiciones a corto y largo plazo, respectivamente. Se identificaron 1641 y 1330 DEGs en el genotipo sensible a la sequía solo bajo condiciones a corto y largo plazo, respectivamente. El análisis de enriquecimiento de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) reveló que todos los DEGs que responden al estrés por sequía estaban principalmente asociados con la vía de señalización de la quinasa activada por mitógenos (MAKP), la transducción de señales de hormonas vegetales, la vía de metabolismo del ácido linoleico, la vía del ribosoma y los ritmos circadianos de las plantas. Además, también jugaron un papel importante en ayudar a resistir la sequía. Este estudio utilizó transcriptómica para investigar cómo responde a la tensión por sequía y puede proporcionar recursos genéticos y referencias para la investigación de los mecanismos moleculares de resistencia a la sequía en hierbas perennes nativas y para la cría de variedades tolerantes a la sequía.