El injerto, la cuidadosa selección de patrones y yemas, ha desempeñado un papel crucial en el mantenimiento de los estándares de calidad del fruto del aguacate chileno en un escenario en el que el cambio climático y los problemas relacionados con la sequía han disminuido considerablemente la producción de aguacates en los últimos quince años. El uso histórico de patrones de plántulas en Chile ha experimentado un cambio reciente hacia patrones clonales, impulsado por el potencial de producir cosechas más consistentes y predecibles. Esta investigación tiene como objetivo comparar plantas de aguacate Hass injertadas en patrones de plántulas Mexicola y patrones clonales Dusa en un sistema sin suelo y protegido utilizando (i) un análisis de expresión diferencial de muestras de raíces y hojas y (ii) un análisis de integración transcriptómica y metabolómica de frutos para mejorar nuestra comprensión de la interacción entre patrón y yema y su impacto en el rendimiento del árbol de aguacate y la calidad del fruto. Los resultados demostraron que no se identificaron diferencias transcriptómicas y metabolómicas significativas a nivel de fruto en la etapa listo para comer (RTE) para los aguacates Hass de ambos patrones. Sin embargo, los aguacates Hass injertados en el patrón clonal mostraron un mayor crecimiento aéreo y un ligero aumento en el tamaño del fruto en comparación con el patrón de plántula debido al enriquecimiento de genes de remodelación de la pared celular, como se reveló en hojas y frutos en la etapa de cosecha.