La batata es un heterocigoto hexaploide con un trasfondo genético complejo, infertilidad por autopolinización e incompatibilidad cruzada, lo que hace que el análisis de ligamiento genético sea bastante difícil. Los estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) proporcionan una nueva estrategia para el mapeo y clonación de genes en la batata. El color de la pulpa de la raíz de almacenamiento (SRFC) es una evaluación sensorial importante, que se correlaciona con la composición de la pulpa de la raíz de almacenamiento, como el almidón, la antocianina y los carotenoides. Realizamos un GWAS utilizando datos de SRFC de 300 accesiones y 567,828 marcadores de polimorfismos de nucleótido único (SNP). Además, analizamos datos de transcriptoma de diferentes variedades de SRFC y realizamos PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) para medir el nivel de expresión del gen candidato en genotipos de batata dulce de pulpa morada y no morada. Los resultados mostraron que cinco SNPs únicos estaban significativamente (-log > 7) asociados con SRFC. Basándonos en estos SNPs asociados a rasgos, se identificaron cuatro genes candidatos, g55964 (), g17506 (), g25206 () y g58377 (). Los perfiles de expresión derivados de los datos de transcriptoma y los análisis de qRT-PCR mostraron que la expresión de g55964 en batata dulce de pulpa morada era significativamente ( < 0.01) mayor que la de la batata dulce de pulpa no morada. Al combinar el GWAS, el análisis transcriptómico y el qRT-PCR, inferimos que es el gen clave relacionado con la formación de morado en la raíz de almacenamiento de la batata. Nuestros resultados sientan las bases para acelerar la mejora genética de la batata dulce de antocianina a través de la selección asistida por marcadores.