Integrando el Estudio de Asociación del Genoma Completo con la Secuenciación de ARN Revela 9 como un Gen Candidato que Influye en el Área del Músculo Lomo en Cerdos Negros de Pekín
Autores: Hou, Renda; Chen, Li; Liu, Xiance; Liu, Hai; Shi, Guohua; Hou, Xinhua; Zhang, Run; Yang, Man; Niu, Naiqi; Wang, Lixian; Zhang, Longchao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Integrando el Estudio de Asociación del Genoma Completo con la Secuenciación de ARN Revela 9 como un Gen Candidato que Influye en el Área del Músculo Lomo en Cerdos Negros de Pekín
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
área muscular
Producción de carne
Estudio de asociación a nivel genómico
Secuenciación de ARN
Polimorfismos de un solo nucleótido
Genes candidatos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 13
Citaciones: Sin citaciones
El área del músculo lumbar (LMA) es un rasgo importante en la producción de carne y juega un papel clave en la determinación de la delgadez de la canal. Se utilizaron estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) y análisis de secuenciación de ARN (RNA-seq) para identificar genes candidatos de LMA en cerdos Beijing Black, una raza popular entre los consumidores en el norte de China. Diez polimorfismos de nucleótido único (SNPs) en el cromosoma 9 (SSC) se asociaron significativamente con LMA. Estos SNPs se mapearon a una región de 2.90 Mb (84.94-87.84 Mb). Un total de 11 genes anotados se mapearon en esta región, a saber, 2, 1, 72, 2, 2, 13, 2, 13 y 9. Además, se realizó un análisis de RNA-seq entre los grupos de alto y bajo LMA, y se identificaron 329 genes expresados diferencialmente (DEGs). Además, el análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto basado en DEGs reveló que la vía de señalización JAK/STAT y la vía de señalización de oxitocina pueden ser responsables de LMA. Tanto el análisis GWAS como el análisis de RNA-seq identificaron el gen 9, lo que indica que puede ser un importante gen candidato que afecta LMA en cerdos Beijing Black. Los hallazgos proporcionan valiosos conocimientos moleculares sobre los mecanismos que influyen en el contenido de LMA en cerdos, que pueden ser utilizados en enfoques dirigidos para mejorar la calidad de la carne y la rentabilidad comercial.
Descripción
El área del músculo lumbar (LMA) es un rasgo importante en la producción de carne y juega un papel clave en la determinación de la delgadez de la canal. Se utilizaron estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) y análisis de secuenciación de ARN (RNA-seq) para identificar genes candidatos de LMA en cerdos Beijing Black, una raza popular entre los consumidores en el norte de China. Diez polimorfismos de nucleótido único (SNPs) en el cromosoma 9 (SSC) se asociaron significativamente con LMA. Estos SNPs se mapearon a una región de 2.90 Mb (84.94-87.84 Mb). Un total de 11 genes anotados se mapearon en esta región, a saber, 2, 1, 72, 2, 2, 13, 2, 13 y 9. Además, se realizó un análisis de RNA-seq entre los grupos de alto y bajo LMA, y se identificaron 329 genes expresados diferencialmente (DEGs). Además, el análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto basado en DEGs reveló que la vía de señalización JAK/STAT y la vía de señalización de oxitocina pueden ser responsables de LMA. Tanto el análisis GWAS como el análisis de RNA-seq identificaron el gen 9, lo que indica que puede ser un importante gen candidato que afecta LMA en cerdos Beijing Black. Los hallazgos proporcionan valiosos conocimientos moleculares sobre los mecanismos que influyen en el contenido de LMA en cerdos, que pueden ser utilizados en enfoques dirigidos para mejorar la calidad de la carne y la rentabilidad comercial.