La cría de caña de azúcar es muy difícil y lleva 12 a 14 años desarrollar un nuevo cultivar para la producción comercial. Esto se debe a que las variedades de caña de azúcar son altamente poliploides, híbridos interespecíficos con 100 a 130 cromosomas que pueden variar según las áreas geográficas. Otros obstáculos/restricciones incluyen el pequeño tamaño de las flores que pueden no sincronizarse pero pueden autopolinizarse, la dificultad para distinguir híbridos de progenies autógamas, el efecto interactivo extremo (G x E) y la posible identificación errónea de variedades durante la propagación vegetativa y el intercambio varietal. Para ayudar a los criadores de caña a superar estas restricciones, se ha desarrollado una base de datos de identidad molecular basada en repeticiones de secuencias simples (SSR) en la Unidad de Investigación de Caña de Azúcar del Servicio de Investigación Agrícola del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos en Houma, LA. Desde 2005, se han construido aproximadamente 2000 identidades moleculares para clones de caña de azúcar y especies relacionadas que abarcan áreas geográficas que incluyen Argentina, Australia, Bangladesh, China, Colombia, India, México, Pakistán, Sudáfrica, Tailandia, EE. UU. (Luisiana, Florida, Texas y Hawái) y Venezuela. La base de datos de identidad molecular se actualiza anualmente y se ha utilizado para: (1) proporcionar descriptores moleculares a los cultivares recién registrados; (2) identificar de manera oportuna cualquier clon mal etiquetado o no identificable de padres cruzados y parcelas de evaluación de campo; (3) desarrollar clones de caña de energía de novo con citoplasma; (4) proporcionar información de huellas dactilares específicas del clon para evaluar la calidad del cruce y la paternidad del polycross; (5) determinar la relación genética de clones parentales; (6) seleccionar híbridos F de cruces (élite x silvestre) o (silvestre x élite); y (7) investigar la herencia de marcadores SSR en la caña de azúcar. La integración de la base de datos de identidad molecular en el programa de cría de caña de azúcar puede mejorar la eficacia general del desarrollo y la comercialización de cultivares.