Un hongo promotor del crecimiento de plantas de amplio espectro se ha aplicado con éxito en arándanos (L.). En este estudio, a través de un análisis transcriptómico y bioquímico integrado, investigamos los efectos de la colonización en el crecimiento de las raíces de arándano bajo riego a largo plazo con agua del grifo (EC ~ 1500 s/cm). El análisis transcriptómico comparativo reveló que la colonización influyó en gran medida en la expresión de genes involucrados en la biosíntesis de ARN, el transporte de solutos, la respuesta a estímulos externos, la acción de fitohormonas, el metabolismo de carbohidratos, la organización de la pared celular y las vías del metabolismo secundario. De manera consistente, la colonización fúngica mejoró significativamente la capacidad de absorción de nutrientes y aumentó los contenidos de sacarosa, almidón, trehalosa, fenoles totales, flavonoides totales y ácido indol-3-acético (IAA), mientras suprimía las acumulaciones de ácido jasmonico (JA), ácido abscísico (ABA), ácido 1-aminociclopropano-1-carboxílico (ACC) y estrigolactona (SL) en las raíces de arándano. La verificación mediante PCR cuantitativa en tiempo real también confirmó las influencias fúngicas en genes asociados con estas vías/parámetros, como los relacionados con la homeostasis de auxinas, el metabolismo de la pared celular, la biosíntesis de fenilpropanoides, la degradación de carotenoides, el transporte, el metabolismo de trehalosa, entre otros. Nuestro estudio demostró que se mejoró la adaptabilidad del arándano al estrés salino leve mediante la regulación sinérgica del metabolismo de la pared celular, el metabolismo secundario, las respuestas al estrés, la homeostasis hormonal, el transporte de azúcares y elementos minerales, entre otros.