Una vez que se diseña un proceso industrial, la implementación real del control del proceso se programa en dispositivos de Control de Supervisión y Adquisición de Datos (SCADA) y Controladores Lógicos Programables (PLC) en el taller. Estos dispositivos se programan con sus lenguajes de codificación de bajo nivel. Esto presenta varias desventajas, como inconsistencias y errores de nomenclatura entre los pasos de diseño y de implementación, o dificultades para integrar nuevas funcionalidades de la Industria 4.0. Este documento presenta una metodología de diseño y gestión, y una arquitectura de software para superar estas desventajas. El objetivo de la metodología es la interconectividad del conocimiento del dominio, el software y los componentes de hardware para generar automáticamente Sistemas Ciberfísicos (CPS) de Industria 4.0 para procesos industriales. La metodología se compone de cinco pasos principales: diseñar el proceso, programar el PLC, capturar datos, gestionar el proceso y visualizarlo. Basado en la metodología y la arquitectura, se ha implementado y validado un conjunto de herramientas dirigidas a procesos ISA-88. IEC-61512 (también conocido como ANSI/ISA-88) es un estándar que aborda el control de procesos por lotes. Sigue una filosofía de diseño para describir equipos y procedimientos, igualmente aplicable a procesos manuales. La metodología ha sido validada en un proceso controlado por un PLC Siemens 1200. Las principales ventajas de esta metodología identificadas durante la validación son: (i) reducción en el tiempo requerido para diseñar el proceso ISA-88, (ii) reducción en el tiempo de programación del PLC y errores asociados, (iii) integración automática de un CPS con funcionalidades de captura de datos y visualización, y (iv) gestión remota del proceso.