El Alineamiento Múltiple de Secuencias (MSA) es una de las metodologías más fundamentales en Bioinformática y el método capaz de organizar secuencias de ADN o proteínas para detectar regiones de similitud. Incluso en estaciones de trabajo de vanguardia, el procedimiento MSA requiere una cantidad significativa de tiempo en cuanto a su tiempo de ejecución. Este documento demuestra cómo utilizar Extensa Explorer de Tensilica (Cadence) para crear un conjunto de instrucciones extendido que cumpla con los requisitos de algunos de los algoritmos más utilizados en Bioinformática para el análisis de MSA. Kalign mostró la mayor aceleración, reduciendo las Búsqueda de Instrucciones (IF) y el Tiempo de Ejecución (ET) en un 30.29 y 43.49 por ciento, respectivamente. Clustal tuvo una aceleración del 14.2% en IF y 17.9% en ET, mientras que Blast tuvo un 12.35% en IF y un 16.25% en ET.