En este estudio, investigamos la interacción entre el inóculo de la espermosfera, la fisiología de la planta huésped y la comunidad microbiana del compartimento endofítico (CE). Utilizando la secuenciación del gen del ARN ribosómico 16S de las comunidades del compartimento endofítico de raíces, tallos y hojas, establecimos una línea base del microbioma para sp. Se observaron diferencias fenotípicas debido a la adición de algunos inóculos bacterianos, correlacionadas con las cargas endógenas de auxina utilizando plantas transgénicas que expresan el reportero de auxina pB-GFP::P87. Cuando se aplicaron como inóculos de espermosfera, se encontró que ciertas bacterias creaban variaciones reproducibles dentro del microbioma del CE de raíces y, de manera más sistemática, en la fisiología de la planta huésped. Nuestros hallazgos apoyan la afirmación de que la espermosfera de las plantas es una zona que puede influir en el microbioma del CE cuando se aplica en un entorno de invernadero.