El efluente digestivo de biogás (BDE) es una fuente enriquecida de nutrientes que puede utilizarse como fertilizante orgánico para el cultivo de arroz sin aplicación de fertilizantes sintéticos (SF). Sin embargo, una preocupación primaria es la estimulación de las emisiones de metano (CH) debido al enriquecimiento del carbono orgánico lábil, un sustrato favorito de las arqueas metanogénicas. Los metanotrofos potencialmente reducen las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) de los campos de arroz al metabolizar el CH como fuente de carbono y energía. Por lo tanto, examinamos el efecto de la aplicación de BDE inoculado con metanotrofos al suelo de arroz cultivado en arrozales sobre las emisiones de GEI y la productividad del arroz en un experimento en macetas. Los metanotrofos (especies y especies), aislados de los campos de arroz del delta del Mekong vietnamita, se inocularon por separado en el BDE calentado, seguido de una preincubación de 5 días. El BDE inoculado con metanotrofos se suministró al cultivo de arroz para sustituir al SF en un 50% o 100% en términos de cantidad de nitrógeno. Los resultados mostraron que las emisiones totales de CH aumentaron aproximadamente un 34% con la aplicación de BDE. Las emisiones de CH se redujeron significativamente en un 17-21% y un 28-44% bajo la aplicación de BDE inoculado con metanotrofos al 100% y al 50%, respectivamente. La reducción en CH fue acorde con el aumento del número de copias del transcrito A bajo BDE inoculado con metanotrofos. Además, la aplicación de BDE inoculado con metanotrofos no aumentó las emisiones de óxido nitroso (NO) ni afectó negativamente el crecimiento del arroz y la productividad del grano. Este estudio destacó la viabilidad de la recirculación de BDE para una producción de arroz con emisiones de CH más bajas basada en metanotrofos donde se confirmaron campos con altas emisiones de CH.