La inmunopeptidómica, como el análisis de péptidos antigénicos que se presentan al sistema inmunológico a través de complejos mayores de histocompatibilidad (MHC), se está viendo como una herramienta imperativa para identificar epítopos para el desarrollo de vacunas para tratar el cáncer, así como infecciones virales, bacterianas y parásitos. El campo ha avanzado enormemente en los últimos 25 años, pero actualmente aún enfrenta desafíos en sensibilidad y rendimiento para aplicaciones generalizadas en medicina personalizada y grandes estudios de desarrollo de vacunas. Sin embargo, los avances tecnológicos de vanguardia en la preparación de muestras, la cromatografía líquida, así como la espectrometría de masas y el análisis de datos, están transformando actualmente el campo. Esta perspectiva muestra cómo la llegada de la proteómica de células individuales ha acelerado esta transformación de la inmunopeptidómica en los últimos años y allanará el camino para análisis de inmunopeptidómica aún más sensibles y de mayor rendimiento.