El microbioma de la rizosfera es una zona dinámica y compleja de comunidades microbianas. Esta compleja comunidad microbiana asociada a las plantas, generalmente considerada como el segundo genoma de la planta, juega un papel crucial en la salud de la planta. No hay duda de que el microbioma de las plantas contribuye colectivamente al crecimiento y la adaptación de las plantas. También proporciona una protección contra los patógenos de las plantas e induce tolerancia en el huésped frente a estresores abióticos. La revolución en omics, herramientas de edición genética y secuenciación ha llevado a desentrañar las composiciones y las interacciones latentes entre las plantas y los microbios. De manera similar, además de las prácticas estándar, también se han propuesto muchos métodos biotecnológicos, (bio)químicos y ecológicos. Tales plataformas se han dedicado exclusivamente a diseñar el microbioma complejo al deshacer las barreras potenciales y lograr una mejor producción agrícola. Sin embargo, varias limitaciones, por ejemplo, los obstáculos biológicos, las restricciones abióticas y las herramientas moleculares que impactan de manera efectiva la ingeniería y funcionalidad del microbioma de las plantas, siguen siendo problemas no abordados. En esta revisión, proporcionamos una visión holística de la composición del microbioma de las plantas, sus complejidades y los principales desafíos en la ingeniería del microbioma de las plantas. Luego, desenterramos todos los inevitables factores abióticos que actúan como cuellos de botella al desincentivar la ingeniería y funcionalidad del microbioma de las plantas. Por último, al explorar el papel inherente de la micro/macrofauna, proponemos estrategias económicas y ecológicas que podrían ser aprovechadas de manera sostenible y biotecnológica para una ingeniería resiliente del microbioma de las plantas.