Las infecciones de la pulpa dental son enfermedades bucales comunes. Cuando esto sucede, se necesitan tratamientos endodónticos para desinfectar y preparar el conducto radicular para procedimientos posteriores. Sin embargo, la falta de modelos in vitro adecuados que representen la anatomía de un conducto radicular inmaduro obstaculiza la investigación sobre eventos regenerativos cruciales en endodoncia, como los procedimientos regenerativos. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un sistema microfisiológico 3D (MPS) para imitar un conducto radicular inmaduro y evaluar la citotoxicidad de varias soluciones de irrigación en células madre. Utilizando la línea celular de Células Madre Dentales SV40 (DSCS) derivada de células madre de la papila apical humana, analizamos los efectos de diferentes irrigantes, incluyendo ácido etidrónico. Los resultados indicaron que las soluciones de irrigación disminuyeron la viabilidad celular en cultivos 2D e influyeron en la adhesión celular dentro del dispositivo microfisiológico. Notablemente, en nuestros estudios 3D en el MPS, las soluciones de irrigación de 17% EDTA y 9% 1-hidroxietileno-1, 1-bisfosfonato (HEBP) demostraron resultados superiores en términos de viabilidad y adherencia de DSCS en comparación con el control. Este estudio destaca la utilidad del MPS desarrollado para estudios traslacionales en tratamientos de conductos radiculares y sugiere una eficacia comparable entre las soluciones de irrigación de 9% HEBP y 17% EDTA, ofreciendo alternativas potenciales para aplicaciones clínicas.