El género tiene un importante valor etnobotánico y económico para las Comunidades Nativas Amazónicas (C.N.A.). Sin embargo, se ha realizado poca investigación sobre la distribución y diversidad genética de las poblaciones de algodón mantenidas en la selva peruana. Este trabajo tiene como objetivo presentar el primer informe sobre la diversidad genética de las poblaciones de spp. en las C.N.A. de la provincia de La Convención, Cusco-Perú. La metodología se basó en explorar, recolectar, identificar y caracterizar las poblaciones presentes en las C.N.A. Se evaluaron veintiséis descriptores (9 cuantitativos y 17 cualitativos), y con esta información se realizaron análisis de distribución, correlación y componentes principales (PC). Como resultado, se identificaron plantas de dos especies [L. (44 muestras) y L. (19 muestras)], una variedad [var. (75 muestras)] y tres variaciones previamente no identificadas (9 muestras). En total, se recolectaron 147 muestras. La var., que siempre se encontró en asociación con otros cultivos económicos dentro de un rango de altitud de 338 a 1086 m, fue la más predominante (51%), distribuida en once C.N.A. y siempre en pequeñas parcelas (hasta 2 ha). L. se cultivó entre 397 y 1137 m de altitud en ocho C.N.A. en parcelas de hasta 3 ha en tierras marginales. L., con una distribución más pequeña (13%), se encontró entre 334 y 497 m de altitud en solo tres comunidades; esta especie se cultiva en áreas marginales durante todo el año. La variabilidad encontrada para los primeros dos PC al considerar los descriptores cuantitativos y cualitativos fue alta (74.7%) y moderada (48.2%), respectivamente. Al combinar todos los descriptores, el análisis mostró que los primeros dos PC representaron el 51.8% de la variabilidad total de los datos. Los PC de los dos tipos de datos y su combinación confirmaron que las tres poblaciones encontradas estaban agrupadas. Las nueve muestras indefinidas estaban cerca o intermedias entre las descritas, mostrando que estas muestras pueden ser el resultado de cruces espontáneos; como tal, estas muestras necesitan ser mejor evaluadas con otras herramientas para una mayor definición. La información obtenida muestra que en las C.N.A. de Cusco-Perú, hay variabilidad conservada por los habitantes, quienes han podido mantener y utilizar estos genotipos, incluso de su ascendencia indígena amazónica, y el entorno ha podido generar variabilidad entre las especies, como se destacará en trabajos futuros.