El mantenimiento de la comunidad de mejillones de agua dulce en lagos está determinado por factores abióticos a escala local y, a escala regional, por las relaciones interespecíficas entre las larvas de bivalvos y los peces hospedadores. Considerando el patrón de distribución a escala local, nuestro objetivo fue comprender la abundancia y la composición de la comunidad de bivalvos y relacionar los agentes ambientales que la estructuran. Muestreamos 20 lagos en la llanura de inundación del río Cuiabá utilizando un método estandarizado de muestreo. Para evaluar el efecto del ambiente en la comunidad, aplicamos análisis inferenciales multivariados. Encontramos 1143 individuos vivos pertenecientes a seis especies distribuidas en las familias Hyriidae, Mycetopodidae, Sphaeridae y Corbiculidae. Los resultados mostraron que, en el Pantanal, la estructura de la asociación de bivalvos está influenciada localmente por la materia orgánica y el tamaño de las partículas, variables que reflejan las intensas interacciones entre el agua y los sedimentos. Sin embargo, es importante destacar que estas características ambientales son resultado de la dinámica de este sistema que depende del pulso de inundaciones, un factor regional.