El antiguo mar Paratethys era una amplia cuenca de agua salada interior, que se extendía desde los Alpes, a través de Europa Central, hasta Asia Central. La parte suroeste de su área central, la parte croata del Sistema de Cuenca Pannoniana (CPBS), es generalmente conocida por la deposición en aguas poco profundas y la biota. El principal objetivo de este artículo es enfatizar la importancia de sus depósitos en aguas más profundas, menos extendidos, en la geología ambiental y aplicada. Los autores consultaron los datos publicados anteriormente, combinados con sus propios resultados, obtenidos de la investigación paleontológica y sedimentológica, la estratigrafía sísmica y los análisis de registros de pozos. Durante nuestra investigación en el CPBS, notamos la conexión entre las estructuras tectónicas y los cañones marinos profundos y depresiones dentro de las aguas poco profundas paratethyanas. Tales estructuras pueden ser reconocidas en los registros de pozos y en afloramientos sísmicos o superficiales. Se sitúan a lo largo de las fallas, y los depósitos se caracterizan por la dominación de la biota pelágica sobre la bentónica, a veces con disolución selectiva visible de pruebas de aragonito/calcita. Las secuencias sedimentarias estudiadas de estas estructuras resultaron ser una valiosa fuente de datos sobre los ciclos transgresivos-regresivos, migraciones antiguas, modos de deposición y formación de hidrocarburos durante la época del Mioceno en el CPBS.