El tigre del sur de China, una subespecie en peligro crítico de extinción, depende actualmente por completo de la alimentación proporcionada por humanos para su supervivencia. La microbiota intestinal juega un papel crucial en la digestión, la función inmunológica y la salud en general. Sin embargo, su respuesta a los diferentes entornos en cautiverio y a los cambios estacionales sigue siendo incierta. En este estudio, analizamos las comunidades bacterianas y fúngicas intestinales de los tigres del sur de China en condiciones de cautiverio total y semi-salvaje a lo largo de diferentes estaciones. Los filos bacterianos dominantes identificados fueron Bacillota, Actinomycetota, Fusobacteriota, Pseudomonadota y Bacteroidota, mientras que las comunidades fúngicas estaban compuestas principalmente por Ascomycota y Basidiomycota. Nuestros resultados indicaron que la diversidad bacteriana se mantuvo relativamente estable, mientras que las comunidades fúngicas fueron más afectadas por el entorno. Los tigres semi-salvajes exhibieron una microbiota intestinal más equilibrada, lo que sugiere beneficios potenciales para la salud. Estos hallazgos proporcionan información sobre la optimización de estrategias de alimentación y manejo para mejorar la salud y las perspectivas de conservación de esta especie en peligro.