Este estudio investiga la influencia del pulso de crecida en la biología reproductiva de los auquéniptéridos Tocantisia piresi (Miranda Ribeiro, 1920) y Auchenipterus nuchalis (Spix y Agassiz, 1829) del curso medio del río Xingú, en el estado brasileño de Pará. Los especímenes se recolectaron trimestralmente entre abril de 2012 y enero de 2014, abarcando cuatro períodos distintos (crecida, reflujo, sequía y llenado). Se analizaron la proporción sexual, la talla de primera madurez, el índice gonadosomático y el factor de condición en ambas especies, evaluándose en el contexto de los diferentes períodos hidrológicos. Se recolectaron un total de 897 especímenes de T. piresi, de los cuales 467 eran hembras, 430 machos y 383 de A. nuchalis (286 hembras y 97 machos). En T. piresi, la proporción sexual solo se vio sesgada en los períodos de llenado y reflujo, mientras que en A. nuchalis se desvió significativamente de la proporción esperada de 1:1 en todos los períodos, con predominio de hembras. Las hembras de T. piresi maduran a un tamaño menor que los machos, registrándose lo contrario en A. nuchalis. En T. piresi, el pico reproductivo se observó durante los períodos de estiaje, mientras que en A. nuchalis, el pico se registró en los períodos de inundación. Machos y hembras de T. piresi presentaron tasas de crecimiento alométrico positivo similares, mientras que en A. nuchalis, el crecimiento fue alométrico negativo, pero las tasas fueron diferentes entre sexos. Se registró un mayor factor de condición en las hembras de ambas especies durante el período de reflujo. En general, los resultados de este estudio revelan distintos efectos del pulso de inundación en los parámetros reproductivos de las dos especies de auquéniptéridos estudiadas. En el caso de A. nuchalis, el desove parece ocurrir en el período de inundaciones y, en el de T. piresi, en la estación seca del curso medio del río Xingu.