Se evaluaron los efectos de las entradas de agua tratada y no tratada con macrófitos en la mejora de la calidad del agua y la comunidad de zooplancton en un estanque de peces con flujo continuo. Se recogieron muestras de agua y zooplancton en cuatro sitios durante nueve meses. Se observaron diferencias (p<0,01) entre el agua de entrada del estanque y el agua de entrada del canal con macrófitos, presentando mayores concentraciones de carga de nutrientes, principalmente TAN y TP en el primero. El agua de entrada del estanque contenía un mayor número de especies abundantes (9 especies), mientras que el agua de entrada del canal con macrófitos presentó una mayor riqueza de especies de zooplancton (31 especies). Los resultados mostraron que el agua de entrada sin macrófitos afectó directamente las características de la columna de agua y la dominancia de especies de zooplancton como Thermocyclops decipiens, así como una mayor abundancia de especies de rotíferos. Dado que las plantas acuáticas en el agua de entrada del estanque analizado mostraron menores cargas de material alóctono que en el estanque anterior, el manejo adoptado con macrófitos puede aplicarse para evitar los riesgos de eutrofización, comunes en los estanques de cultivo.