Entender el carbono orgánico del suelo (COS) a nivel de agregado es crucial para la salud del suelo en el desarrollo de invernaderos con salinización secundaria. Sin embargo, los patrones específicos y las contribuciones del contenido de iones y las comunidades microbianas en las fracciones de densidad de COS a nivel de agregado siguen siendo poco claros en suelos con salinización secundaria. Investigamos las variaciones en sales [conductividad eléctrica (CE) y iones] y comunidades microbianas a través de varias clases de agregados en suelos de invernadero de 16 años de uso y en campo abierto. También examinamos las fracciones de densidad de COS, incluyendo la fracción ligera (FL), la fracción pesada de materia orgánica particulada (MOP) y la materia orgánica asociada a minerales (MOM) en diferentes agregados. Los hallazgos revelaron que un menor Ca2+/K+ junto con niveles elevados de CE (promedio 2.49 mS cm-1) redujo el porcentaje de macroagregados en el invernadero en comparación con las condiciones de campo abierto, con una CE más baja de 0.58 mS cm-1. La diversidad bacteriana y la composición de la comunidad no mostraron variación entre los diferentes tamaños de agregados en ambos sitios. Por el contrario, la diversidad fúngica y la abundancia relativa (principalmente dominada por Ascomycota con un 78.50%) aumentaron significativamente en microagregados (<0.25 mm) en comparación con macroagregados (>0.25 mm). Los macroagregados exhibieron una mayor proporción de FL y MOM (3.3-18.2%, 24.9-34.5% y 2.9-4.0% para FL, MOM y MOP, respectivamente) que los microagregados. Los análisis de correlación y redundancia revelaron que la diversidad fúngica, particularmente la abundancia relativa de Ascomycota en agregados < 0.25 mm, influyó significativamente y de manera positiva (p < 0.05) en la proporción de carbono de MOM en términos del COS total (tipo J). Este estudio proporciona valiosos conocimientos sobre los patrones de distribución del COS dentro de los suelos afectados por sales secundarias.