Los suelos supresores de enfermedades confieren ventajas de aptitud a las plantas después de un brote de enfermedad debido al posterior ensamblaje de microbiota protectora en entornos naturales. Sin embargo, el papel de los efectos ecológicos en la formación de un microbioma del suelo protector es en gran medida esquivo. En este estudio, investigamos la composición de microbios parásitos y sus relaciones con los nematodos quistes de la soja en suelo supresor. Los resultados mostraron que el ensamblaje de microbios parásitos a lo largo de los nematodos quistes de la soja fue moldeado predominantemente por la densidad de los nematodos quistes de la soja. También encontramos que el cultivo continuo de soja aumentó el número de microbios parásitos de los nematodos quistes de la soja con el orden de Ss > Sr > Sc, mientras que disminuyó la población de nematodos quistes de la soja, lo que resultó en una disminución natural en el número de nematodos quistes de la soja. Estos hallazgos indican que la población de nematodos quistes de la soja acumuló microorganismos parásitos contra esta enfermedad del suelo bajo el cultivo continuo a largo plazo de la soja. Además, la actividad metabólica de los microbios parásitos de quistes se incrementó con dos años de cultivo continuo (Sc) de soja, y el carbono total y el nitrógeno total del suelo fueron los principales factores de impacto en este cultivo continuo a corto plazo para los patrones metabólicos de los microbios parásitos de quistes. En resumen, los resultados destacan que la interacción de las plantas y la enfermedad moldean el microbioma del suelo, reclutan un grupo de microbios inductores de resistencia a la enfermedad y modulan sus rasgos beneficiosos para proteger a la planta.