Los objetivos del presente estudio fueron analizar la influencia de los sementales empleados en los caballos salvajes de Dülmen sobre la diversidad genética y la subestructura poblacional utilizando análisis de clúster bayesianos. El caballo salvaje de Dülmen se mantiene como una población equina única expuesta a las condiciones naturales durante todo el año en el Merfelder Bruch cerca de Dülmen en Westfalia, Alemania. Los sementales seleccionados para la cría deben demostrar sus habilidades para sobrevivir en este entorno hostil. Utilizamos información genotípica multilocus de un conjunto de 29 microsatélites autosómicos para determinar la paternidad de 185 potros machos engendrados por nueve sementales. Como no se pudieron muestrear hembras, no pudimos hacer inferencias sobre todos los potros de un año y probar si hay diferencias en los parámetros poblacionales genéticos entre ambos sexos. El número medio de descendencia fue de 19.92 con un rango de 2-32, causado por la duración del período de servicio por semental. La heterocigosidad observada y la heterocigosidad esperada no sesgada fueron de 0.688 y 0.631, el número medio de alelos fue de 4.448, y F de Wright fue -0.173. Las distancias genéticas por pares (F y las distancias genéticas no sesgadas de Nei) fueron significativas y variaron entre 0.038 a 0.091 y 0.085 a 0.290, respectivamente. Los diagramas de dendrograma de vecino uniendo agruparon una gran proporción de los grupos de descendencia paterna en diferentes ramas. Los análisis bayesianos posteriores utilizando siete grupos de medio hermanos paternos con 10-74 miembros apoyaron un máximo de seis clústeres, con dos grupos de descendencia paterna que no diferían, y una mediana de cinco clústeres, con dos grupos de dos sementales cada uno cayendo en los mismos clústeres. Cuando los sementales se emplearon en años no consecutivos, la descendencia de estos diferentes años de los mismos sementales se agrupó en el mismo clúster, mientras que la descendencia de un semental de dos años consecutivos estuvo en diferentes clústeres. Pudimos distinguir la descendencia masculina de los sementales del caballo salvaje de Dülmen y mostrar los efectos del uso de sementales en la subestructura genética de la manada de caballos salvajes de Dülmen. En conclusión, los análisis mostraron el potencial genético de los sementales del caballo salvaje de Dülmen para mantener una alta diversidad genética y también los efectos de las temporadas de cría y durante cuánto tiempo se utilizan los sementales para engendrar potros. La selección de sementales puede ser sensible para el desarrollo futuro de la diversidad genética y preservar esta población cerrada como un recurso valioso para futuros estudios sobre la evolución del caballo.