A pesar del papel crucial de la microbiota intestinal en los diferentes procesos fisiológicos que ocurren en el cuerpo animal, los informes sobre la microbiota intestinal de los animales que residen en diferentes condiciones ambientales, como la alta altitud y diferentes configuraciones climáticas, son limitados. La meseta Qinghai-Tibetana es conocida por sus condiciones climáticas extremas que proporcionan un entorno ideal para explorar los efectos de la alta altitud y la temperatura en la microbiota de los animales. Los yaks tienen sistemas únicos de entrega de oxígeno y genes relacionados con la respuesta hipóxica. Los condados de Damxung, Nyêmo y Linzhou en el Tíbet tienen altitudes y temperaturas variables que ofrecen configuraciones distintas para estudiar la adaptación de los yaks a terrenos elevados. Los resultados de nuestro estudio sugieren que la secuenciación de amplicones de las regiones V3-V4 y del espaciador interno transcrito 2 (ITS2) produjo 13,683 variantes de secuencia de amplicones bacterianos y 1,912 variantes de secuencia de amplicones fúngicos (ASVs). La diversidad alfa y beta indicó estructuras microbianas distintas. Los filos bacterianos dominantes fueron Firmicutes, Bacteroidota y Actinobacteriota. Los géneros UCG-005, Christensenellaceae_R-7_group y Rikenellaceae_RC9_gut_group fueron dominantes en yaks confinados que viven en el condado de Damxung (DXS) y en yaks que viven en el condado de Linzhou (LZS), mientras que UCG-005 predominó en yaks confinados que viven en el condado de Nyêmo (NMS). El análisis del tamaño del efecto del análisis discriminante lineal (LEfSe) destacó diferencias a nivel de género. El análisis meta-estadístico reveló cambios significativos en la composición de la comunidad bacteriana y fúngica en yaks a diferentes altitudes y temperaturas elevadas. El análisis taxonómico bacteriano reveló que dos filos y 32 géneros diferían significativamente (< 0.05). El análisis taxonómico fúngico reveló que tres filos y cuatro géneros diferían significativamente (< 0.05). Las predicciones funcionales indicaron funciones metabólicas alteradas, especialmente en el sistema digestivo de los yaks que viven en NMS. Este estudio revela cambios significativos en la microbiota intestinal de los yaks en respuesta a factores ambientales variables, como la altitud y la temperatura, arrojando luz sobre aspectos previamente inexplorados de la fisiología de los yaks en entornos extremos.