El propósito de esta investigación es verificar las interdependencias entre la innovación en servicios, la autonomía estructural, los sistemas de medición del rendimiento y los resultados organizacionales en un nuevo contexto organizacional. Las relaciones entre estas variables que estructuran el diseño organizacional han sido estudiadas durante varias décadas, pero es necesario verificar la validez de esas interdependencias en nuevos contextos geográficos y períodos. La teoría de la contingencia fue el marco seleccionado porque argumenta cómo diferentes escenarios pueden justificar diferentes soluciones organizacionales y es apropiada en la investigación cuantitativa predominante. Para la recolección de datos, se enviaron encuestas a 526 directores ejecutivos de todas las escuelas secundarias públicas portuguesas, obteniendo 154 respuestas válidas. El procesamiento de datos se llevó a cabo utilizando análisis descriptivo, correlación de Spearman y análisis de ecuaciones estructurales. Los resultados refuerzan la literatura previa, demostrando la influencia de la autonomía estructural, no solo en el rendimiento de la gestión pedagógica, sino también en el rendimiento de la gestión de recursos dentro de un contexto específico explorado por primera vez en el sector público portugués. Sin embargo, la interdependencia de estas variables en relación con la estrategia de innovación pedagógica y los resultados organizacionales de efectividad y eficiencia no se verificó en este contexto particular, corroborando los fundamentos básicos de la teoría de la contingencia.