El estiércol animal es un fertilizante deseable debido a su rico nitrógeno, pero también contiene un gran y diverso reservorio de genes de resistencia antimicrobiana (AMR). Para reducir este reservorio de AMR, se evaluaron cinco tratamientos (aireación pasiva, aireación forzada, incubaciones estáticas o anaeróbicas, autoclavado) por su impacto en el resistoma del estiércol de aves. Se extrajo ADN bacteriano del estiércol y se estimó mediante qPCR el número de copias de 16S, integrones de clase 1 y genes de resistencia asociados. Luego, se utilizó secuenciación metagenómica de amplicones de 16S para determinar la diversidad y composición de la comunidad. Dependiendo de las condiciones de incubación, los integrones de clase 1 y sus genes de resistencia asociados se redujeron de 0.5 a 1.0 Log/g de estiércol de aves. Solo el autoclavado redujo los integrones y los genes de AMR asociados en tres Log. Los cambios en la abundancia de AMR reflejaron fluctuaciones en la composición de la bacterioma del estiércol a nivel de familia, género y variante de secuencia. Hubo una correlación negativa entre los integrones de clase 1 y los genes de AMR, con géneros pertenecientes a las filas Actinobacteria, Firmicutes y Proteobacteria. Aunque estos tratamientos de estiércol de aves no lograron reducir la abundancia de AMR, los tratamientos aeróbicos y anaeróbicos redujeron taxones que contenían especies patógenas. El enfoque para remediar la resistencia en el estiércol de aves puede ser más efectivo si se enfoca en reducir los patógenos bacterianos.