La síntesis de betalainas utilizando microorganismos es una tecnología de desarrollo innovadora, y la excavación de microorganismos estrechamente relacionados con las betalainas puede proporcionar cierto apoyo teórico y técnico a esta tecnología. En este estudio, se analizaron las características de las estructuras de la comunidad microbiana del suelo y sus funciones en las rizosferas del pitahaya de pulpa blanca y del pitahaya de pulpa roja. Los resultados muestran que las composiciones bacterianas y fúngicas del suelo en las rizosferas se formaron de manera diferente entre ambas. Géneros bacterianos como X y Y fueron los géneros bacterianos del suelo dominantes únicos en las rizosferas de X, mientras que Z fue el género bacteriano del suelo dominante único en las rizosferas de Y. Además, A fue el género fúngico del suelo dominante único en las rizosferas de X, mientras que B y C fueron los géneros fúngicos del suelo dominantes únicos en las rizosferas de Y. Además, D, E, F, G, H, I, J y K se enriquecieron significativamente en las rizosferas de X, mientras que L, M, N, O y P se enriquecieron significativamente en las rizosferas de Y. Por último, las abundancias relativas de Ascomycota y Q fueron significativamente más altas en las rizosferas de X que en las de Y.