Las funciones ecológicas de las comunidades bacterianas varían entre los estilos de vida adheridos a partículas (PA) y los estilos de vida libres (FL), y explorar por separado su ensamblaje comunitario ayuda a elucidar los mecanismos microecológicos de la cría de camarones. La inoculación de microalgas y el enriquecimiento de nutrientes durante la cría de camarones son dos factores impulsores importantes que afectan las comunidades bacterianas del agua de cría, pero sus contribuciones relativas al ensamblaje de la comunidad bacteriana no se han evaluado. Aquí, inoculamos dos microalgas en aguas de cría de camarones para investigar los efectos distintos de varios factores ambientales en las comunidades bacterianas PA y FL. Nuestro estudio mostró que la composición y las bacterias representativas de los diferentes tratamientos de microalgas eran significativamente diferentes entre las comunidades bacterianas PA y FL. Los análisis de regresión y las pruebas de Mantel revelaron que los nutrientes eran factores vitales que restringían la diversidad, la estructura y los patrones de co-ocurrencia de ambas comunidades bacterianas PA y FL. El análisis de modelado de caminos de mínimos cuadrados parciales (PLS-PM) indicó que las microalgas podrían afectar directa o indirectamente a la comunidad bacteriana PA a través de interacciones de nutrientes. Además, se detectó una interacción significativa entre las comunidades bacterianas PA y FL. Nuestro estudio revela los efectos desiguales de las microalgas y los nutrientes en el ensamblaje de la comunidad bacteriana y ayuda a explorar el ensamblaje de comunidades microbianas en ecosistemas de cría de camarones.