El género de Ascomiceto afecta significativamente los cultivos de plantas, ocupando un nicho ecológico importante. (L.) Fr. presenta muchos beneficios para la salud de los humanos, pero su historia poblacional no ha sido reportada. El objetivo de esta investigación fue informar sobre la colección, estructura poblacional, historia demográfica, diversidad y desaminasas de citosina de 43 cepas silvestres en China a través de resecuenciación utilizando una plataforma Illumina HiseqTM. Todas las cepas fueron asignadas a las poblaciones de la zona cálida, subtropical y templada media, confirmadas por ADMIXTURE-1.3.0, PCA y análisis filogenético. Sus tamaños de población disminuyeron históricamente, lo que sugiere que esta especie sufrió cuellos de botella en la naturaleza. La descomposición de enlace (r) reveló un patrón de migración de norte a sur de , consistente con el análisis MSMC2-v2.1.4. Las regiones de alto Pi se estaban agregando en los cromosomas CP023325.1 (51) y CP023323.1 (9), desempeñando un papel clave en la adaptación, especialmente para los sitios en desaminasa de citosina. Dentro de la especie, la diferenciación genética fue relativamente alta entre las tres poblaciones ( = 0.083, 0.092 e incluso 0.109). Según las estructuras predichas asistidas por inteligencia artificial (RoseTTAFold) de las desaminasas de citosina, se clasificaron en ocho clados con dominios únicos, distintos y estructuralmente conservados, ofreciendo un conjunto potencial de desaminasas de cadena sencilla y doble de gran promesa como editores de bases ajustables para aplicaciones terapéuticas y de cría agrícola. Estos proporcionaron nuevas perspectivas para la extracción de proteínas novedosas de macrohongos, tanto estructural como funcionalmente.