Los experimentos in vivo en modelos animales de enfermedades son de crucial importancia para estudios de tropismo viral y patogénesis. Sin embargo, estos experimentos deben complementarse con experimentos in vitro y ex vivo. Aquí describimos un protocolo para la preparación y la infección ex vivo de secciones de pulmón de diferentes especies de hospedadores mamíferos con varios paramixovirus respiratorios que expresan proteínas reporteras fluorescentes, y sugerimos experimentos de seguimiento que incluyen inmunohistoquímica, citometría de flujo y microscopía confocal.