En este estudio, examinamos la interacción entre el desorden intrínseco de las proteínas, la infección por el virus de la hepatitis C (VHC) y las vías de señalización inducidas por los receptores tipo Toll (TLRs). Con este fin, se consideraron 10 proteínas del VHC, 10 TLR humanos y 41 proteínas de las vías downstream inducidas por TLR, a partir de la prevalencia del desorden intrínseco. La representación del desorden intrínseco en el interactoma VHC-TLR y en las vías basadas en TLR de la respuesta inmune innata humana a la infección por VHC demuestra que niveles sustanciales de desorden intrínseco son característicos de las proteínas involucradas en la regulación y ejecución de estas vías de inmunidad innata y en la interacción VHC-TLR. Las regiones desordenadas, al estar comúnmente enriquecidas en sitios de diversas modificaciones postraduccionales, pueden desempeñar roles funcionales importantes al promover interacciones proteína-proteína y apoyar la unión de las proteínas analizadas a otros socios como los ácidos nucleicos. Parece que este sistema representa una ilustración importante del papel del desorden intrínseco en la guerra entre virus y huésped.