En la última década, más del 40% de las especies de aves en Europa han experimentado un estado de conservación deficiente o malo, con más del 30% de las especies de aves en el continente portugués amenazadas de extinción. Junto con factores antropogénicos, se ha sugerido que parásitos y patógenos como los haemosporidios aviares son responsables de estos declives en las poblaciones de aves. Los centros de rehabilitación de vida silvestre desempeñan un papel esencial en la conservación y preservación de especies. Además, los animales admitidos para rehabilitación pueden proporcionar información valiosa sobre la transmisión y patogenicidad de muchas enfermedades que afectan a las aves silvestres que rara vez se muestrean en la naturaleza. Sin embargo, los informes de haemosporidios en aves en cautiverio siguen siendo limitados. Aquí, exploramos la prevalencia y diversidad genética de haemosporidios aviares en 89 aves de 29 especies admitidas en centros de rehabilitación en Portugal, mostrando una prevalencia general de infección del 30.3%. La prevalencia de infección fue mayor en Strigiformes y en aves admitidas en centros de rehabilitación debido a enfermedades debilitantes. Notablemente, el 30% de las especies de aves infectadas no se ha encontrado que alberguen parásitos de malaria en estudios anteriores. Detectamos 15 linajes diferentes de haemosporidios infectando a un tercio de las especies de aves muestreadas. Cabe destacar que 2 de estos 15 linajes de haemosporidios detectados no se habían obtenido previamente en otros estudios. Además, también identificamos nueve nuevas interacciones huésped-parásito que representan nuevos registros de huésped para estos parásitos haemosporidios. Finalmente, nuestros resultados revelaron que las aves infectadas con haemosporidios requieren tratamientos de rehabilitación más largos, lo que aumenta los costos económicos para la rehabilitación y puede afectar sus perspectivas de supervivencia. Estos hallazgos enfatizan la importancia de integrar consideraciones sobre la infección por haemosporidios en los protocolos de rehabilitación, destacando los desafíos que plantean estas infecciones en la conservación y rehabilitación aviar, incluidos los requerimientos económicos y logísticos.