Los actos de evaluar la eficiencia de los sistemas agrícolas y pastorales y mejorar sus niveles de producción tienen profundas implicaciones para el desarrollo sostenible de la economía agrícola. Los sistemas agrícolas y pastorales están compuestos por sub-sistemas agrícolas y sub-sistemas pastorales, que abarcan tanto la etapa de producción como la etapa de ventas. Estos dos sub-sistemas incluyen factores compartidos y salidas no deseadas, estas últimas se refieren a subproductos como las emisiones de CO, entre otros. Estos factores crean desafíos significativos en la evaluación de la eficiencia de los sistemas agrícolas y pastorales. Para abordar este problema, este estudio primero propone modelos de medida ajustada de red de sistema divisional (BAM) que consideran factores compartidos y salidas no deseadas para evaluar la eficiencia de los sub-sistemas agrícolas y pastorales. Posteriormente, se desarrolla un modelo de eficiencia general para evaluar la eficiencia de los sistemas agrícolas y pastorales. El nuevo método se aplica para evaluar la eficiencia de los sistemas agrícolas y pastorales en 30 provincias y ciudades de China. Para explorar el impacto de las salidas no deseadas, se compara la eficiencia que ignora las salidas no deseadas con nuestro método. Los resultados indican que la eficiencia puede ser subestimada al ignorar las salidas no deseadas. Además, también se calcula la eficiencia bajo diferentes condiciones de productos intermedios, revelando que la eficiencia bajo el enlace fijo de productos intermedios tiende a ser sobreestimada en comparación con el método de enlace libre que utilizamos.