La proteína ancladora de A-quinasa 13 es un miembro de la familia de proteínas AKAP que se ha encontrado asociada con la formación ósea. Por lo tanto, investigamos el gen como un posible candidato para la selección asistida por marcadores moleculares (MAS) en la cría. Nuestro objetivo era explorar las variaciones genéticas (InDel y CNV) dentro del gen de las cabras de cachemira blanca de Shaanbei (SBWC) y analizar su relación con las características de crecimiento. En última instancia, identificamos tres loci InDel (una deleción de 16 pb, una inserción de 15 pb y una deleción de 25 pb) y tres CNV, y los loci de 16 pb y 15 pb estaban significativamente asociados con la longitud del cuerpo de las cabras. Tanto la variante de deleción de 16 pb como la variante de inserción de 15 pb facilitaron un aumento en la longitud del cuerpo en las cabras. Además de esto, hubo un cierto efecto de superposición entre los loci de 16 pb y 15 pb, aunque no hubo enlace. Adicionalmente, el locus CNV1 se correlacionó significativamente con la altura y la longitud del cuerpo de las cabras, y el CNV2 se correlacionó significativamente con la profundidad del pecho, la circunferencia del pecho y la circunferencia del cañón de las cabras. Los individuos con tipo de ganancia mostraron un excelente rendimiento de crecimiento. En conclusión, los loci InDel y CNV que hemos identificado podrían servir como marcadores moleculares efectivos en la cría de cabras, lo cual es muy esencial para mejorar la eficiencia y el éxito de la cría. Además, nuestros hallazgos proporcionan una nueva vía para futuras investigaciones sobre la función del gen.