Con el paso de los años, a medida que se han secuenciado genomas de poxvirus más completos, los estudios filogenéticos de estos virus se han vuelto más frecuentes. En general, los resultados muestran relaciones similares entre las especies de poxvirus; sin embargo, algunas inconsistencias son notables. Los análisis previos de los genomas virales contenidos en la vacuna contra la viruela (VACV)-Dryvax revelaron que sus relaciones filogenéticas a veces estaban nubladas por una baja confianza en el remuestreo. Para analizar los genomas de VACV-Dryvax en detalle, se desarrolló un nuevo conjunto de herramientas que se integró en el paquete de software bioinformático Base-By-Base. Los análisis mostraron que en cada genoma de VACV-Dryvax había menos posiciones únicas de las esperadas. Se identificaron una serie de patrones, cada uno conteniendo varios polimorfismos de nucleótido único (SNPs) que iban en contra de los resultados del análisis filogenético. Se encontró que los genomas de VACV contenían bloques cortos de secuencias de ADN que coincidían con clados más distantes. Además, se observaron patrones de SNPs no conformes similares en (1) el clado del virus de la viruela; (2) algunos clados de viruela bovina; y (3) VACV-CVA, el ancestro directo de VACV-MVA. Por lo tanto, los rastros de eventos de recombinación pasados son comunes en los diversos clados de orthopoxvirus, incluidos aquellos asociados con los virus de la viruela y la viruela bovina.