Los sistemas de cultivo de Coffea spp. en una sociedad cooperativa en Puebla, México, incluyen Rustic, Polycultura Tradicional, Polycultura Comercial, Monocultivo Sin Sombra y Monocultivo Con Sombra. En este trabajo, se analizaron las propiedades del suelo a través de análisis físicos, químicos y biológicos para determinar su estado nutricional. Se realizaron análisis de muestras compuestas para determinar parámetros físicos, químicos y microbiológicos (hongos, actinobacterias, bacterias mesofílicas, bacterias nitrificantes y desnitrificantes). Se determinaron los nutrientes foliares. Rustic fue el sistema de cultivo con la mayor cantidad de K en el suelo y asimilación de nutrientes en la hoja (N, P, K y Fe) (p = 0.001); además, tuvo altas poblaciones de bacterias mesofílicas, hongos y actinobacterias y tasas de nitrificación y desnitrificación muy bajas. Los análisis de componentes principales (PCA) (>3.25%) indicaron que las actinobacterias y el K en el suelo favorecen la asimilación de Fe, K y P. Este sistema de cultivo de Coffea spp. generó un menor impacto en la salud del suelo que el resto de los sistemas y favoreció la conservación del ecosistema forestal.